کتابهای تألیفی و تصنیفی

1. "شکل گیری و تحول حوزه های شیعه"
   سید محمدعلی حسینی زاده
   موسسه دین پژوهی بشرا، ایران، 1389، شابک: 9786005408119
2. "اسلام سیاسی در ایران"
   سید محمدعلی حسینی زاده
   دانشگاه مفید - قم /غیرانتفاعی/، 1388، شابک: 978-964-8092202
3. "انقلاب اسلامی ایران"
   مصطفی ملکوتیان، سید محمدعلی حسینی زاده، صادق حقیقت، عبدالوهاب فراتی
   ایران، 1388، شابک: 9789645310934
4. "اندیشه سیاسی محقق کرکی"
   سید محمدعلی حسینی زاده
   بوستان کتاب، ایران، 1386، شابک: 9789645486134

کتابهای ترجمه ای

1. "روحانیت و منازعات سیاسی در مشروطه درسها و عبرتها"
   سید محمدعلی حسینی زاده
   پژوهشکده علوم و اندیشه اسلامی، ایران، 1396، شابک: 978-600195-378-1
2. "مجموعه مقالات بزرگداشت اخوند خراسانی"
   سید محمدعلی حسینی زاده
   نشر علم، ایران، 1392، شابک: 978-964-224-640