پژوهشکده گیاهان و مواد اولیه دارویی با دارا بودن بخش‌های مرتبط، پایش بسیار خوبی از بستر گیاهان دارویی کشور داشته و بهترین و تخصصی‌ترین هرباریوم گیاهان دارویی کشور را دارد. از سوی دیگر انجام انواع مختلفی از آزمایش‌های آنالیز شیمیایی و بررسی فعالیت زیستی مواد گوناگون، در پژوهشکده امکان‌پذیر است و در بخش تولید ترکیبات طبیعی (از گیاهان) دانش فنی و امکانات خوب و مناسبی در حد آزمایشگاهی و نیمه‌ صنعتی (پایلوت) وجود دارد.
امکان خالص‌سازی در مقیاس‌های مختلف (آزمایشگاهی تا صنعتی) مواد گوناگون از گیاهان، به‌همراه شناسایی مواد خالص یا دارای منشا گیاهی با کمک دستگاه‌های بسیار پیشرفته باعث شده‌است که پژوهشکده به‌عنوان قطب علمی این امر در کشور و یک بخش شاخص در دنیا شناخته شود و مراجعات بین‌المللی متعدد برای همکاری‌های مشترک با پژوهشکده صورت گیرد. 
از سوی دیگر ایجاد و توسعه بانک عصاره‌های گیاهی و مواد زیستی (حاصل از گیاه، قارچ، میکروارگانیسم‌ها و غیره) از ارزشمندترین بخش‌ها در مسیر کشف دارو در شرکت‌های دارویی بین‌المللی است و این شرکت‌ها با توجه به اهمیت راهبردی این بخش، در مورد آن هیچ‌گونه مشارکتی با دانشگاه‌ها و صنایع دیگر ندارند. اهمیت وجود چنین بانک‌هایی هنگامی آشکار می‌شود که به موضوع احتمال تهدیدها و حمله‌های زیستی (میکروبی) توجه شود. در صورت وقوع چنین مشکلاتی، می‌توان با غربالگری سریع نمونه‌های موجود در چنین بانک‌هایی با تهدید میکروبی (از ویروس سرما خوردگی گرفته تا کرونا) مقابله کرد.
حضور دانشجویان کارشناسی ارشد و دکتری در رشته‌های فیتوشیمی، شیمی دارویی و کشاورزی و اعضای پسادکتری رشته‌های گوناگون در پژوهشکده سبب گردیده تا امر آموزش نیز به خوبی پژوهش انجام گیرد.
پژوهشکده گیاهان و مواد اولیه دارویی آمادگی خود را برای هرگونه همکاری در چارچوب‌های دانشگاهی، تحقیقاتی و صنعتی با بخش‌های مختلف در داخل و خارج کشور اعلام می‌دارد.

مشکلات ناشی از مصرف داروهای سنتزی باعث شده‌است تا رویکرد به سمت توسعه داروهای دارای منشا طبیعی باشد. گران‌ترین و موثرترین داروهای موجود در بازار جهانی در این گروه جای دارند و بسیاری از داروها، از داروهای سرطان تا بیماری‌های فیزیولوژیک، عفونی و یا عصبی (همچون ALS) دارای منشا طبیعی هستند. گرایش به سمت توسعه مواد دارویی با منشا طبیعی به‌شدت در حال افزایش بوده و هم‌اکنون در بسیاری از موارد، تغییر خطوط صنایع دارویی از مواد سنتزی به مواد طبیعی در حال انجام است.
فکر تشکیل پژوهشکده گیاهان و مواد اولیه دارویی در دانشگاه شهید بهشتی، در سال 1372 مطرح شد. هم‌زمان یونیدو (UNIDO) در سال 1376 در حال تصمیم‌گیری برای انتخاب سرزمینی با منابع طبیعی و تنوع زیاد زیستی در منطقه خاورمیانه بود و ایران و سپس دانشگاه شهید بهشتی بدین منظور انتخاب و مجوز همکاری دانشگاه با این سازمان صادر شد. پژوهشکده گیاهان و مواد اولیه دارویی در سال 1378 در دانشگاه شهید بهشتی شروع به کار کرد.
پژوهشکده گیاهان و مواد اولیه دارویی دارای بخش‌های گیاه‌شناسی، میکروبیولوژی، فیتوشیمی، شیمی دارویی، کشاورزی و مهندسی شیمی است و پژوهش‌های انجام شده و جاری در این پژوهشکده در راستای کشف داروهای جدید، تهیه مواد اولیه برای تولید داروهای جدید با خواص زیستی خاص و همچنین تهیه مواد اولیه دارویی برای تولید داروهای موجود در بازار همراه با نوآوری در تهیه این مواد است. سنتز مشتقات جدید دارویی با استفاده از ترکیبات راهنمای (Lead compounds) گیاهی و میکروبی و تهیه فرمولاسیون‌های جدید برای افزایش فراهم‌آوری زیستی این مواد، از جمله پژوهش‌های مهم در حال انجام در پژوهشکده هستند.
در بخش تولید گیاهان دارویی فلور ایران و همچنین بومی‌سازی و اهلی کردن گیاهان دارویی، مطالعات باززایی و فرایندهای کشت سلول‌های گیاهی به‌منظور تولید متابولیت‌های ثانویه با کاربرد دارویی نیز تجربیات ارزشمندی توسط پژوهشگران پژوهشکده به‌دست آمده است.